Chiều dài cơ thể lớn nhất được ghi nhận ở A. esakiae là 8,5 cm.[4] Cá có màu nâu cam sẫm đến xám xanh lam với các chấm đen đặc trưng trên mõm. Đầu có nhiều vệt nâu đỏ. Có vạch nâu trên nắp mang và gốc vây ngực. Vây đuôi hình mũi giáo. Vây lưng trước và sau có chiều cao bằng nhau. Vảy bao phủ phần trên của nắp mang, không có vảy ở má.

A. esakiae có kiểu hình gần giống với Amblygobius calvatus, nhưng A. calvatus có sọc giữa thân rất rõ, còn sọc giữa thân của A. esakiae chỉ kéo dài đến nửa thân trước. Đốm nắp mang của A. calvatus có hình oval và to hơn A. esakiae (vốn chỉ là một vạch ngắn). Cả hai đều nằm trong nhóm loài Amblygobius nocturnus.[3]

Số gai ở vây lưng: 6–7; Số tia ở vây lưng: 14–15; Số gai ở vây hậu môn: 1; Số tia ở vây hậu môn: 16.[4]